Para regular problemas concretos de su funcionamiento, la segunda Audiencia de Filipinas, que empezó a sesionar en el mes de junio de 1598, aprobó una gran variedad de disposiciones referentes a materias muy diversas: pleitos, cárcel, delincuentes, residencias, Real Hacienda, tributos de encomiendas, abastecimiento, población indígena y china, etc. Especial mención merece la consideración de las costumbres indígenas como fuente jurídica alegable en pleitos entre naturales. La mayoría de las disposiciones emanan del Real Acuerdo, órgano colegiado formado por la reunión conjunta del presidente y oidores de la Audiencia y cuyas decisiones eran conocidas como "autos acordados", los cuales eran obligatorios en todo el territorio jurisdiccional del tribunal manilense.